Je suis un écologue qui utilise l’analyse, les probabilités les statistiques, la science des données et la science numérique pour étudier les réseaux écologiques et comment les changements globaux les affectent dans le but de conserver la biodiversité et le bon fonctionnement des écosystèmes qui sont sont essentiels à notre santé et notre bien-être.
2016: Docteur en biologie (mention: excellent). Université du Québec À Rimouski, Canada / Université de Montpellier, France (doctorat mené en co-tutelle).
2012: Maîtrise en Écologie and Évolution. AgroParisTech, Paris, France.
2011: Diplôme d’agronomie générale. AgroParisTech, Paris, France.
Expérience professionnelle
10/2020–present: Co-foundateur de inSileco Inc.
Guelph, ON, Canada
Développement d’une application Shiny pour Pêches et Océans Canada Halifax qui permet de générer des rapports reproductibles incluant des analyses spatiales.
Animation de deux ateliers pour apprendre à utiliser R comme un système d’information géographique et d’un atelier sur la création de flux de travail reproductibles.
Écriture de deux chapitres pour un cours sur les données spatiales (université TÉLUQ) et mise en place du déploiement continu du matériel disponible en ligne (bookdown).
03/2021–present: Associé de recherche
McCann Lab, University of Guelph, ON, Canada
Développements en théorie des méta-écosystèmes (implementation numérique avec Julia).
Développement d’un package R qui permet de réaliser différentes analyses statistiques de co-occurrence.
06/2017–10/2020: Chercheur post-doctoral
McCann Lab, University of Guelph, ON, Canada
Analyses statistiques sur l’homogénéisation de communautés de poisson dans les lacs en Ontario (création d’un flux de données R pour collecter, nettoyer et analyser des données).
Travail sur la combinaison de bio-traceurs multiples pour créer des empreintes digitales spatialisée pour déterminer l’origine géographique de produits alimentaires (implementations numériques utilisant R et Julia, simulations intensives roulées sur les serveurs de Calcul Canada).
Support donné à des étudiants et collègues pour la création de chaîne d’analyses de données et pour les implementations numériques dans des projets variés.
10/2012–12/2016: Candidat au doctorat
Université de Montpellier, France/ Université du Québec à Rimouski, QC, Canada
Travaux théoriques menés sur l’intégration de contraintes biotiques et abiotiques en théorie de la biogéographie (modélisation mathématique et implémentation numérique en R and C++).
Travaux menés sur le lien entre l’inférence possible des interactions biotiques à partir des données de co-occurrence (modélisation probabiliste et implémentation numérique en R).
Développement de plusieurs tutoriels sur les probabilités et les statistiques (théorie et applications avec R).
06/2012–09/2012: Professionel de recherche
École Normale Supérieure, Paris, France
Traduction d’un code pour faire des analyses en ondelettes écrit en Matlab en C++.
Développement d’une visualisation de donnée sur la propagation de la dengue en Asie du sud-est.
01/2011–11/2011: Assistant de recherche
Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
Travail en laboratoire sur la germination.
07/2010–12/2010: Assistant de recherche
SIMBIOS Centre, Abertay University, Dundee, United Kingdom
Extension d’un model de croissance mycorhizienne (codé en C++) pour intégrer un nouveau processus physiologique.
Compétences computationnelles
Calcul scientifique
■ ■ ■ ■ ■ R
■ ■ ■ □ □ Julia
■ ■ □ □ □ Python
■ ■ ■ □ □ Matlab/Octave
■ ■ ■ □ □ C/C++
■ ■ □ □ □ Sage
■ ■ ■ □ □ Bash
■ ■ ■ □ □ Torque/Slurm
Reproductibilité
■ ■ ■ ■ □ Git
■ ■ ■ ■ □ GNU make
■ ■ ■ ■ □ GitHub Actions
■ ■ □ □ □ Docker
Bases de données
■ ■ ■ □ □ SQLite
■ ■ □ □ □ postgreSQL
Technologies Internet modernes
■ ■ ■ ■ □ HTML/CSS
■ ■ □ □ □ Javascript
■ ■ ■ □ □ JSON/XML
■ ■ ■ ■ ■ YAML/TOML
■ ■ ■ ■ □ Jekyll/Hugo
■ ■ ■ ■ □ Shiny App
Préparation de documents
■ ■ ■ □ □ SQLite
■ ■ □ □ □ postgreSQL
Enseignement
2021: Atelier sur la manipulation et la visualisation de données spatiales avec R
. Environment and Climate Change Canada, Dartmouth, NS, Canada, 2 jours.
2021: Atelier sur la création de flux de travail reproductibles
. Bedford Institute of Oceanography, Halifax NS, Canada, 2 jours.
2021: Atelier sur la manipulation et la visualisation de données spatiales avec R . Bedford Institute of Oceanography, Halifax NS, Canada, 2 jours.
2020: Atelier de statistiques avancées (ateliers R du CSBQ)
. Université du Québec à Rimouski, Rimouski QC, Canada, 5 jours.
2019: Introduction à R
. Université du Québec à Montréal, Montreal QC, Canada, 2 jours.
2018: Atelier sur la manipulation et la visualisation de données spatiales avec R
. Institut de recherche en biologie végétale, Montreal QC, Canada, 3 h.
2017: Instructeur dans un atelier sur les méta-analyses
. Centre de la Science de la Biodiversité du Québec (CSBQ), Canada, 3 jours.
2017: Instructeur dans l’école d’été “Bayesian Statistics for Ecologists”
. University of Sherbrooke, Sherbrooke QC, Canada, 5 jours.
2016: Organisation d’un évènement sur deux jours portant sur la visualisation de données en science de la biodiversité pour les étudiants gradués
. Quebec Centre For Biodiversity Science, Canada, 2 jours.
2015: Introduction aux chaînes de Markov
. Université du Québec à Rimouski, Canada, 3 h.
2014–2016: Présentateur pour les ateliers R de programation et de statistiques du QCBS
. Université du Québec à Rimouski, Canada, 16 h/année.
2014–2015: Cours avancé sur visualisation de données avec R
. Université du Québec à Rimouski, Canada, 1 jour/année.
2013–2015: Instructeur dans les travaux pratiques et dirigés dans le cours de biologie du développement pour étudiants en première année de biologie
. Université de Montpelier, France, 64 h/année.
2014: Atelier sur la manipulation et la visualisation de données spatiales avec R. Universidade Federal de Minas Gerais, Brazil, 1 jour.
Expérience de mentorat
Katerina Coveny, étudiante au premier cycle (2021). Co-superviseur du mémoire de premier cycle
.
Alexandra Huybregts, étudiante au premier cycle (2021). Co-superviseur du mémoire de premier cycle
.
Sarah Marshall, étudiante au premier cycle (2018). Co-superviseur du mémoire de premier cycle
.
Valesca de Groot, étudiante au premier cycle (2018). Co-superviseur du mémoire de premier cycle
.
Emelia Myles-Gonzales, étudiante à la maîtrise (2018). Mentor de l’étudiant pour le dévelopment de modèles statistiques
.
Publications
Revues internationales à commité de lecture
Harvey E., Marleau J., Gounand I., Leroux S., Firkowski C., Altermatt F., Blanchet F., Cazelles K., Chu C., DAloia C., Donelle L., Gravel D., Guichard F., McCann K., Ruppert J., Ward C. & Fortin M. (2021). A general meta-ecosystem model to predict ecosystem function at landscape extents. Preprint. doi: 10.22541/au.162799968.80128369/v1.
Poisot T., Bergeron G., Cazelles K., Dallas T., Gravel D., MacDonald A., Mercier B., Violet C., Vissault S. & Chapman D. (2021). Global knowledge gaps in species interaction networks data. Journal of Biogeography. doi: 10.1111/jbi.14127.
Beauchesne D., Cazelles K., Archambault P., Dee L. & Gravel D. (2021). On the sensitivity of food webs to multiple stressors. Ecology Letters. doi: 10.1111/ele.13841.
McCann K., Cazelles K., MacDougall A., Fussmann G., Bieg C., Cristescu M., Fryxell J., Gellner G., Lapointe B. & Gonzalez A. (2020). Landscape modification and nutrient-driven instability at a distance. Ecology Letters. doi: 10.1111/ele.13644.
Cazelles K., Zemlak T., Gutgesell M., Myles-Gonzalez E., Hanner R. & McCann K. (2021). Spatial fingerprinting: Horizontal fusion of multi-dimensional bio-tracers as solution to global food provenance problems. Foods. doi: 10.3390/foods10040717.
Blanchet F., Cazelles K. & Gravel D. (2020). Co-occurrence is not evidence of ecological interactions. Ecology Letters. doi: 10.1111/ele.13525.
Warne C., McCann K., Rooney N., Cazelles K. & Guzzo M. (2020). Geography and morphology affect the ice duration dynamics of northern hemisphere lakes worldwide. Geophysical Research Letters. doi: 10.1029/2020gl087953.
Solarik K., Cazelles K., Messier C., Bergeron Y. & Gravel D. (2019). Priority effects will impede range shifts of temperate tree species into the boreal forest. Journal of Ecology. doi: 10.1111/1365-2745.13311.
Poisot T., Bergeron G., Cazelles K., Dallas T., Gravel D., MacDonald A., Mercier B. & Vissault S. (2020). Environmental biases in the study of ecological networks at the planetary scale. Preprint. doi: 10.1101/2020.01.27.921429.
Brice M., Cazelles K., Legendre P. & Fortin M. (2019). Disturbances amplify tree community responses to climate change in the temperateboreal ecotone. Global Ecology and Biogeography. doi: 10.1111/geb.12971.
Cazelles K. (2019). Homogenization of freshwater lakes: Recent compositional shifts in fish communities are explained by gamefish movement and not climate change. Global Change Biology. doi: 10.1111/gcb.14829.
Albouy C., Archambault P., Appeltans W., Araújo M., Beauchesne D., Cazelles K., Cirtwill A., Fortin M., Galiana N., Leroux S., Pellissier L., Poisot T., Stouffer D., Wood S. & Gravel D. (2019). The marine fish food web is globally connected. Nature Ecology & Evolution. doi: 10.1038/s41559-019-0950-y.
Cazelles K. & McCann K. (2019). Diversity-stability and the structure of perturbations. Peer Community In Ecology. doi: 10.24072/pci.ecology.100017.
Bartley T., Guzzo M., Cazelles K., Verville A., McMeans B. & McCann K. (2019). Thermal preference influences depth use but not biomass of predatory fishes in response to lake morphometry. Preprint. doi: 10.1101/572925.
Bartley T., McCann K., Bieg C., Cazelles K., Granados M., Guzzo M., MacDougall A., Tunney T. & McMeans B. (2019). Food web rewiring in a changing world. Nature Ecology & Evolution. doi: 10.1038/s41559-018-0772-3.
Wheeler H., Berteaux D., Furgal C., Cazelles K., Yoccoz N. & Grémillet D. (2018). Identifying key needs for the integration of social-ecological outcomes in arctic wildlife monitoring. Conservation Biology. doi: 10.1111/cobi.13257.
Geschke J., Cazelles K. & Bartomeus I. (2018). Rcites: An r package to access the CITES speciesplus database. Journal of Open Source Software. doi: 10.21105/joss.01091.
Galiana N., Lurgi M., Claramunt-López B., Fortin M., Leroux S., Cazelles K., Gravel D. & Montoya J. (2018). The spatial scaling of species interaction networks. Nature Ecology & Evolution. doi: 10.1038/s41559-018-0517-3.
MacDougall A., Harvey E., McCune J., Nilsson K., Bennett J., Firn J., Bartley T., Grace J., Kelly J., Tunney T., McMeans B., Matsuzaki S., Kadoya T., Esch E., Cazelles K., Lester N. & McCann K. (2018). Context-dependent interactions and the regulation of species richness in freshwater fish. Nature Communications. doi: 10.1038/s41467-018-03419-1.
Legagneux P., Casajus N., Cazelles K., Chevallier C., Chevrinais M., Guéry L., Jacquet C., Jaffré M., Naud M., Noisette F., Ropars P., Vissault S., Archambault P., Bêty J., Berteaux D. & Gravel D. (2018). Our house is burning: Discrepancy in climate change vs. Biodiversity coverage in the media as compared to scientific literature. Frontiers in Ecology and Evolution. doi: 10.3389/fevo.2017.00175.
Kopelke J., Nyman T., Cazelles K., Gravel D., Vissault S. & Roslin T. (2017). Food-web structure of willow-galling sawflies and their natural enemies across europe. Ecology. doi: 10.1002/ecy.1832.
Massol F., Dubart M., Calcagno V., Cazelles K., Jacquet C., Kéfi S. & Gravel D. (2017). Island biogeography of food webs. Networks of invasion: A synthesis of concepts. doi: 10.1016/bs.aecr.2016.10.004.
Cazelles K., Mouquet N., Mouillot D. & Gravel D. (2016). On the integration of biotic interaction and environmental constraints at the biogeographical scale. Ecography. doi: 10.1111/ecog.01714.
Cazelles K., Araújo M., Mouquet N. & Gravel D. (2015). A theory for species co-occurrence in interaction networks. Theoretical Ecology. doi: 10.1007/s12080-015-0281-9.
Stradic S., Silveira F., Buisson E., Cazelles K., Carvalho V. & Fernandes G. (2015). Diversity of germination strategies and seed dormancy in herbaceous species of campo rupestre grasslands. Austral Ecology. doi: 10.1111/aec.12221.
Cazelles B. & Cazelles K. (2014). Major urban centers have weak influence on the timing of dengue epidemics in southeast asia. International Journal of Infectious Diseases. doi: 10.1016/j.ijid.2014.03.873.
Cazelles B., Cazelles K. & Chavez M. (2013). Wavelet analysis in ecology and epidemiology: Impact of statistical tests. Journal of The Royal Society Interface. doi: 10.1098/rsif.2013.0585.
Cazelles K., Otten W., Baveye P. & Falconer R. (2013). Soil fungal dynamics: Parameterisation and sensitivity analysis of modelled physiological processes, soil architecture and carbon distribution. Ecological Modelling. doi: 10.1016/j.ecolmodel.2012.08.008.
Vulgarisation scientifique
Cazelles K. (2014). La Biodiversité en territoire isolée. Accromath.
Legagneux P., Cazelles K. & Gravel D. (2019). Sommes-nous bien informés ? : écarts entre la couverture du changement climatique et de la biodiversité par les médias et la littérature scientifique. Climatoscope.
Cette section inclue un sous-ensemble de mes contributions à des logiciels libres. Si vous êtes intéressé à voir davantage de mes contributions, elles sont presque toutes visible sur mon compte GitHub (voir également la section “notes” de mon site internet).
packages
La selection ci-dessous présente des packages R auxquels j’ai contribué significativement.
rcites (maintainer): Client pour accéder à la base de données Speciesplus via l’API Speciesplus/CITES Checklist
.
disker (maintainer): Implémentation Rcpp de 5 kernels de dispersion isotropiques
.
motifcensus (maintainer): Implémentation Rcpp qui compte les différente positions occupées par les espèces de tout les motifs à 3 espèces d’un réseau uniparti
.
rmangal (contributor): Client R pour la base de données Mangal
.
rgovcan (contributor): Client R pour interagir avec l’API d’Open Canada
.
Compendia de recherche
Je suis très engagé dans la recherche reproductible. À chaque étude que je publie est associé un compendium de recherche. La liste ci-dessous est une selection de compendia de recherche qui ont été publié avec un article scientifique auquel j’ai contribué significativement.
Spatial Fingerprinting: Création d’empreinte digitale spatiale en combinant des traceurs biologiques, détermination de l’origine géographique en utilisant des approches d’apprentissage machine
(paper’s doi: 10.3390/foods10040717). 10.5281/zenodo.4602032
NDID: Développements théoriques sur les méta-écosystèmes, construction et résolution d’équations différentielles
(paper’s doi: 10.1111/ele.13644). 10.5281/zenodo.4081347
coocNotInteract: Modélisation probabiliste pour comprendre pourquoi la co-occurrence n’est pas une preuve de l’existence d’interaction écologique
(paper’s doi: 10.1111/ele.13525). 10.5281/zenodo.3733206
HomogenFishOntario: Analyses statistiques montrant l’homogénéisation des communautés de poissons dans les lacs d’eau douce d’Ontario
(paper’s doi: 10.1111/gcb.14829). 10.5281/zenodo.3383237
monitoringOutcomes: Analyse de réseau visant à identifier les attendus du suivi continu de la faune arctique ainsi que les liens entre ces attendus
(paper’s doi: 10.1111/cobi.13257). 10.5281/zenodo.1652737
burningHouse: Comparaison de la couverture médiatique entre les changements climatiques et l’érosion de la biodiversité
(paper’s doi: 10.1111/cobi.13257). 10.5281/zenodo.1134897
Casajus N. & Cazelles K. Visualiser vos données avec R (2020)
Cazelles K. Utiliser R Markdown pour créer des documents dynamiques (2020)
Présentations
Présentations orales
Cazelles K., Myles-Gonzalez E., Zemlak T. & McCann K. (2019-12-19). Embracing the blessing of dimensionality to determine species’ provenance. QCBS Annual symposium. Montreal, QC, Canada.
Cazelles K., Gravel D. & McCann K. (2018-08-01). Towards an Energetic Theory of Island biogeography. ESA Annual Meeting. New-Orleans, LA, USA.
Cazelles K., Myles-Gonzalez E., Zemlak T. & McCann K. (2018-07-01). Fighgting Noise with dimensionality. CSEE Annual Meeting. Guelph, ON, Canada.
Cazelles K., Gravel D. & McCann K. (2017-12-01). Towards an Energetic Theory of Island biogeography. Ecology Across Borders. Ghent, Belgium.
Cazelles K., Gravel D. & McCann K. (2017-12-01). Do ecological interactions impact geographic distributions of species?. Ecology Across Borders. Ghent, Belgium.
Vissault S. & Cazelles K. (2017-01-08). Teaser of the alien R package. R à Québec. Québec, QC, Canada.
Cazelles K., Mouquet N. & Gravel D. (2015-12-01). Do ecological interaction impact geographical distributions of species?. QCBS - Annual Symposium. Montreal, QC, Canada.
Cazelles K., Mouquet N., Mouillot D. & Gravel D. (2015-08-01). Integration of ecological networks in a theoretical stochastic model of biogeography. CSEE - Annual Meeting. Saskatoon, SK, Canada.
Cazelles K., Mouquet N., Mouillot D. & Gravel D. (2014-12-01). Integration of ecological networks in a theoretical stochastic model of biogeography. BES-SFE - Joint Annual Meeting. Lille, France.
Cazelles K. & Cazelles B. (2012-08-01). Wavelet Clustering, a tool to integrate spatial and temporal patterns based on their dynamical properties, application to dengue in Thailand. Model in Population Biology. Santa Maria, Brazil.
Séminaires
Cazelles K. (2018-10-12). Do biotic interactions affect species distribution?. Université de Sherbrooke. Université de Sherbrooke.
Vissault S., Gravel D., Cazelles K. & Poisot T.. Mangal, a global ecological interactions database. biodiversitynext. Leiden – The Netherlands (2018-08-01).
Brice M., Legendre P., Cazelles K. & Fortin M.. Long-term forest community changes in the boreal-temperate ecotone. ESA Annual Meeting. New-Orleans, LA, USA (2018-08-01).
Beauchesne D., Cazelles K., Archambault P. & Gravel D.. Predicting the spatial distribution of ecological networks. CSEE Annual meeting. Victoria, BC, Canada (2017-08-01).
Legagneux P., Casajus N., Cazelles K., Chevallier C., Chevrinais M., Guéry L., Jacquet C., Jaffré M., Naud M., Noisette F., Ropars P., Vissault S., Archambault P., Bêty J., Berteaux D. & Gravel D.. The Earth Tribune. ArcticNet Meeting. Winnipeg, MB, Canada (2016-12-01).
Bourses et récompenses
2017, CA$1,500. Récompense de l’ACFAS pour la meilleur thèse de doctorat en co-tuelle (laureat français).
2016, CA$20,000. Bourse du FRQNT (Fonds de Recherche du Québec Nature et Technologies).
2016, CA$1,500. Excellence awards of the Quebec Centre for Biodiversity Science (QCBS).
2015, CA$150. Récompense pour la seconde meilleure présentation orale au symposium annuel du QCBS.
2015–2016, CA$6,000/year. Bourse du programme Frontenac (programme de mobilité pour les doctorat en co-tutelle entre la France et le Québec).
2012–2015, €24 000/year. Bourse française du ministère de l’éducation supérieure.