Dr. Kevin Cazelles

Écologiste théoricien

Je suis un écologue qui utilise l’analyse, les probabilités les statistiques, la science des données et la science numérique pour étudier les réseaux écologiques et comment les changements globaux les affectent dans le but de conserver la biodiversité et le bon fonctionnement des écosystèmes qui sont sont essentiels à notre santé et notre bien-être.

Formation

Expérience professionnelle

  10/2020–present: Co-foundateur de inSileco Inc.

   Guelph, ON, Canada
  • Développement d’une application Shiny pour Pêches et Océans Canada Halifax qui permet de générer des rapports reproductibles incluant des analyses spatiales.
  • Animation de deux ateliers pour apprendre à utiliser R comme un système d’information géographique et d’un atelier sur la création de flux de travail reproductibles.
  • Écriture de deux chapitres pour un cours sur les données spatiales (université TÉLUQ) et mise en place du déploiement continu du matériel disponible en ligne (bookdown).

  03/2021–present: Associé de recherche

   McCann Lab, University of Guelph, ON, Canada
  • Développements en théorie des méta-écosystèmes (implementation numérique avec Julia).
  • Développement d’un package R qui permet de réaliser différentes analyses statistiques de co-occurrence.

  06/2017–10/2020: Chercheur post-doctoral

   McCann Lab, University of Guelph, ON, Canada
  • Analyses statistiques sur l’homogénéisation de communautés de poisson dans les lacs en Ontario (création d’un flux de données R pour collecter, nettoyer et analyser des données).
  • Travail sur la combinaison de bio-traceurs multiples pour créer des empreintes digitales spatialisée pour déterminer l’origine géographique de produits alimentaires (implementations numériques utilisant R et Julia, simulations intensives roulées sur les serveurs de Calcul Canada).
  • Support donné à des étudiants et collègues pour la création de chaîne d’analyses de données et pour les implementations numériques dans des projets variés.

  10/2012–12/2016: Candidat au doctorat

   Université de Montpellier, France/ Université du Québec à Rimouski, QC, Canada
  • Travaux théoriques menés sur l’intégration de contraintes biotiques et abiotiques en théorie de la biogéographie (modélisation mathématique et implémentation numérique en R and C++).
  • Travaux menés sur le lien entre l’inférence possible des interactions biotiques à partir des données de co-occurrence (modélisation probabiliste et implémentation numérique en R).
  • Développement de plusieurs tutoriels sur les probabilités et les statistiques (théorie et applications avec R).

  06/2012–09/2012: Professionel de recherche

   École Normale Supérieure, Paris, France
  • Traduction d’un code pour faire des analyses en ondelettes écrit en Matlab en C++.
  • Développement d’une visualisation de donnée sur la propagation de la dengue en Asie du sud-est.

  01/2011–11/2011: Assistant de recherche

   Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
  • Travail en laboratoire sur la germination.

  07/2010–12/2010: Assistant de recherche

   SIMBIOS Centre, Abertay University, Dundee, United Kingdom
  • Extension d’un model de croissance mycorhizienne (codé en C++) pour intégrer un nouveau processus physiologique.

Compétences computationnelles

Calcul scientifique

  • ■ ■ ■ ■ ■ R
  • ■ ■ ■ □ □ Julia
  • ■ ■ □ □ □ Python
  • ■ ■ ■ □ □ Matlab/Octave
  • ■ ■ ■ □ □ C/C++
  • ■ ■ □ □ □ Sage
  • ■ ■ ■ □ □ Bash
  • ■ ■ ■ □ □ Torque/Slurm

Reproductibilité

  • ■ ■ ■ ■ □ Git
  • ■ ■ ■ ■ □ GNU make
  • ■ ■ ■ ■ □ GitHub Actions
  • ■ ■ □ □ □ Docker

Bases de données

  • ■ ■ ■ □ □ SQLite
  • ■ ■ □ □ □ postgreSQL

Technologies Internet modernes

  • ■ ■ ■ ■ □ HTML/CSS
  • ■ ■ □ □ □ Javascript
  • ■ ■ ■ □ □ JSON/XML
  • ■ ■ ■ ■ ■ YAML/TOML
  • ■ ■ ■ ■ □ Jekyll/Hugo
  • ■ ■ ■ ■ □ Shiny App

Préparation de documents

  • ■ ■ ■ □ □ SQLite
  • ■ ■ □ □ □ postgreSQL

Enseignement

Expérience de mentorat

Publications

Revues internationales à commité de lecture

  1. Harvey E., Marleau J., Gounand I., Leroux S., Firkowski C., Altermatt F., Blanchet F., Cazelles K., Chu C., DAloia C., Donelle L., Gravel D., Guichard F., McCann K., Ruppert J., Ward C. & Fortin M. (2021). A general meta-ecosystem model to predict ecosystem function at landscape extents. Preprint. doi: 10.22541/au.162799968.80128369/v1.
  2. Poisot T., Bergeron G., Cazelles K., Dallas T., Gravel D., MacDonald A., Mercier B., Violet C., Vissault S. & Chapman D. (2021). Global knowledge gaps in species interaction networks data. Journal of Biogeography. doi: 10.1111/jbi.14127.
  3. Beauchesne D., Cazelles K., Archambault P., Dee L. & Gravel D. (2021). On the sensitivity of food webs to multiple stressors. Ecology Letters. doi: 10.1111/ele.13841.
  4. McCann K., Cazelles K., MacDougall A., Fussmann G., Bieg C., Cristescu M., Fryxell J., Gellner G., Lapointe B. & Gonzalez A. (2020). Landscape modification and nutrient-driven instability at a distance. Ecology Letters. doi: 10.1111/ele.13644.
  5. Cazelles K., Zemlak T., Gutgesell M., Myles-Gonzalez E., Hanner R. & McCann K. (2021). Spatial fingerprinting: Horizontal fusion of multi-dimensional bio-tracers as solution to global food provenance problems. Foods. doi: 10.3390/foods10040717.
  6. Blanchet F., Cazelles K. & Gravel D. (2020). Co-occurrence is not evidence of ecological interactions. Ecology Letters. doi: 10.1111/ele.13525.
  7. Warne C., McCann K., Rooney N., Cazelles K. & Guzzo M. (2020). Geography and morphology affect the ice duration dynamics of northern hemisphere lakes worldwide. Geophysical Research Letters. doi: 10.1029/2020gl087953.
  8. Solarik K., Cazelles K., Messier C., Bergeron Y. & Gravel D. (2019). Priority effects will impede range shifts of temperate tree species into the boreal forest. Journal of Ecology. doi: 10.1111/1365-2745.13311.
  9. Poisot T., Bergeron G., Cazelles K., Dallas T., Gravel D., MacDonald A., Mercier B. & Vissault S. (2020). Environmental biases in the study of ecological networks at the planetary scale. Preprint. doi: 10.1101/2020.01.27.921429.
  10. Brice M., Cazelles K., Legendre P. & Fortin M. (2019). Disturbances amplify tree community responses to climate change in the temperateboreal ecotone. Global Ecology and Biogeography. doi: 10.1111/geb.12971.
  11. Cazelles K. (2019). Homogenization of freshwater lakes: Recent compositional shifts in fish communities are explained by gamefish movement and not climate change. Global Change Biology. doi: 10.1111/gcb.14829.
  12. Albouy C., Archambault P., Appeltans W., Araújo M., Beauchesne D., Cazelles K., Cirtwill A., Fortin M., Galiana N., Leroux S., Pellissier L., Poisot T., Stouffer D., Wood S. & Gravel D. (2019). The marine fish food web is globally connected. Nature Ecology & Evolution. doi: 10.1038/s41559-019-0950-y.
  13. Cazelles K. & McCann K. (2019). Diversity-stability and the structure of perturbations. Peer Community In Ecology. doi: 10.24072/pci.ecology.100017.
  14. Bartley T., Guzzo M., Cazelles K., Verville A., McMeans B. & McCann K. (2019). Thermal preference influences depth use but not biomass of predatory fishes in response to lake morphometry. Preprint. doi: 10.1101/572925.
  15. Bartley T., McCann K., Bieg C., Cazelles K., Granados M., Guzzo M., MacDougall A., Tunney T. & McMeans B. (2019). Food web rewiring in a changing world. Nature Ecology & Evolution. doi: 10.1038/s41559-018-0772-3.
  16. Wheeler H., Berteaux D., Furgal C., Cazelles K., Yoccoz N. & Grémillet D. (2018). Identifying key needs for the integration of social-ecological outcomes in arctic wildlife monitoring. Conservation Biology. doi: 10.1111/cobi.13257.
  17. Geschke J., Cazelles K. & Bartomeus I. (2018). Rcites: An r package to access the CITES speciesplus database. Journal of Open Source Software. doi: 10.21105/joss.01091.
  18. Galiana N., Lurgi M., Claramunt-López B., Fortin M., Leroux S., Cazelles K., Gravel D. & Montoya J. (2018). The spatial scaling of species interaction networks. Nature Ecology & Evolution. doi: 10.1038/s41559-018-0517-3.
  19. MacDougall A., Harvey E., McCune J., Nilsson K., Bennett J., Firn J., Bartley T., Grace J., Kelly J., Tunney T., McMeans B., Matsuzaki S., Kadoya T., Esch E., Cazelles K., Lester N. & McCann K. (2018). Context-dependent interactions and the regulation of species richness in freshwater fish. Nature Communications. doi: 10.1038/s41467-018-03419-1.
  20. Legagneux P., Casajus N., Cazelles K., Chevallier C., Chevrinais M., Guéry L., Jacquet C., Jaffré M., Naud M., Noisette F., Ropars P., Vissault S., Archambault P., Bêty J., Berteaux D. & Gravel D. (2018). Our house is burning: Discrepancy in climate change vs. Biodiversity coverage in the media as compared to scientific literature. Frontiers in Ecology and Evolution. doi: 10.3389/fevo.2017.00175.
  21. Kopelke J., Nyman T., Cazelles K., Gravel D., Vissault S. & Roslin T. (2017). Food-web structure of willow-galling sawflies and their natural enemies across europe. Ecology. doi: 10.1002/ecy.1832.
  22. Massol F., Dubart M., Calcagno V., Cazelles K., Jacquet C., Kéfi S. & Gravel D. (2017). Island biogeography of food webs. Networks of invasion: A synthesis of concepts. doi: 10.1016/bs.aecr.2016.10.004.
  23. Cazelles K., Mouquet N., Mouillot D. & Gravel D. (2016). On the integration of biotic interaction and environmental constraints at the biogeographical scale. Ecography. doi: 10.1111/ecog.01714.
  24. Cazelles K., Araújo M., Mouquet N. & Gravel D. (2015). A theory for species co-occurrence in interaction networks. Theoretical Ecology. doi: 10.1007/s12080-015-0281-9.
  25. Stradic S., Silveira F., Buisson E., Cazelles K., Carvalho V. & Fernandes G. (2015). Diversity of germination strategies and seed dormancy in herbaceous species of campo rupestre grasslands. Austral Ecology. doi: 10.1111/aec.12221.
  26. Cazelles B. & Cazelles K. (2014). Major urban centers have weak influence on the timing of dengue epidemics in southeast asia. International Journal of Infectious Diseases. doi: 10.1016/j.ijid.2014.03.873.
  27. Cazelles B., Cazelles K. & Chavez M. (2013). Wavelet analysis in ecology and epidemiology: Impact of statistical tests. Journal of The Royal Society Interface. doi: 10.1098/rsif.2013.0585.
  28. Cazelles K., Otten W., Baveye P. & Falconer R. (2013). Soil fungal dynamics: Parameterisation and sensitivity analysis of modelled physiological processes, soil architecture and carbon distribution. Ecological Modelling. doi: 10.1016/j.ecolmodel.2012.08.008.

Vulgarisation scientifique

  1. Cazelles K. (2014). La Biodiversité en territoire isolée. Accromath.
  2. Legagneux P., Cazelles K. & Gravel D. (2019). Sommes-nous bien informés ? : écarts entre la couverture du changement climatique et de la biodiversité par les médias et la littérature scientifique. Climatoscope.

Logiciels

Cette section inclue un sous-ensemble de mes contributions à des logiciels libres. Si vous êtes intéressé à voir davantage de mes contributions, elles sont presque toutes visible sur mon compte GitHub (voir également la section “notes” de mon site internet).

packages

La selection ci-dessous présente des packages R auxquels j’ai contribué significativement.

  • rcites (maintainer): Client pour accéder à la base de données Speciesplus via l’API Speciesplus/CITES Checklist .
  • graphicsutils (maintainer): Divers functions graphiques .
  • inSilecoMisc (maintainer): Divers fonctions R .
  • disker (maintainer): Implémentation Rcpp de 5 kernels de dispersion isotropiques .
  • motifcensus (maintainer): Implémentation Rcpp qui compte les différente positions occupées par les espèces de tout les motifs à 3 espèces d’un réseau uniparti .
  • rmangal (contributor): Client R pour la base de données Mangal .
  • rgovcan (contributor): Client R pour interagir avec l’API d’Open Canada .

Compendia de recherche

Je suis très engagé dans la recherche reproductible. À chaque étude que je publie est associé un compendium de recherche. La liste ci-dessous est une selection de compendia de recherche qui ont été publié avec un article scientifique auquel j’ai contribué significativement.

Manuels

  • Casajus N. & Cazelles K. Visualiser vos données avec R (2020)
  • Cazelles K. Utiliser R Markdown pour créer des documents dynamiques (2020)

Présentations

Présentations orales

  1. Cazelles K., Myles-Gonzalez E., Zemlak T. & McCann K. (2019-12-19). Embracing the blessing of dimensionality to determine species’ provenance. QCBS Annual symposium. Montreal, QC, Canada.
  2. Cazelles K., Gravel D. & McCann K. (2018-08-01). Towards an Energetic Theory of Island biogeography. ESA Annual Meeting. New-Orleans, LA, USA.
  3. Cazelles K., Myles-Gonzalez E., Zemlak T. & McCann K. (2018-07-01). Fighgting Noise with dimensionality. CSEE Annual Meeting. Guelph, ON, Canada.
  4. Cazelles K., Gravel D. & McCann K. (2017-12-01). Towards an Energetic Theory of Island biogeography. Ecology Across Borders. Ghent, Belgium.
  5. Cazelles K., Gravel D. & McCann K. (2017-12-01). Do ecological interactions impact geographic distributions of species?. Ecology Across Borders. Ghent, Belgium.
  6. Vissault S. & Cazelles K. (2017-01-08). Teaser of the alien R package. R à Québec. Québec, QC, Canada.
  7. Cazelles K., Mouquet N. & Gravel D. (2015-12-01). Do ecological interaction impact geographical distributions of species?. QCBS - Annual Symposium. Montreal, QC, Canada.
  8. Cazelles K., Mouquet N., Mouillot D. & Gravel D. (2015-08-01). Integration of ecological networks in a theoretical stochastic model of biogeography. CSEE - Annual Meeting. Saskatoon, SK, Canada.
  9. Cazelles K., Mouquet N., Mouillot D. & Gravel D. (2014-12-01). Integration of ecological networks in a theoretical stochastic model of biogeography. BES-SFE - Joint Annual Meeting. Lille, France.
  10. Cazelles K. & Cazelles B. (2012-08-01). Wavelet Clustering, a tool to integrate spatial and temporal patterns based on their dynamical properties, application to dengue in Thailand. Model in Population Biology. Santa Maria, Brazil.

Séminaires

  1. Cazelles K. (2018-10-12). Do biotic interactions affect species distribution?. Université de Sherbrooke. Université de Sherbrooke.
  2. Cazelles K. (2018-03-13). Do biotic interactions affect species distribution?. Department of Integratove Biology, University of Guelph. Department of Integratove Biology, University of Guelph.
  3. Cazelles K. (2018-02-02). Do biotic interactions affect species distribution?. Institut de recherche en biologie végétale, Montréal. Institut de recherche en biologie végétale, Montréal.
  4. Cazelles K. (2018-01-08). Do biotic interactions affect species distribution?. Department of Ecology & Evolutionary Biology, University of Toronto. Department of Ecology & Evolutionary Biology, University of Toronto.
  5. Cazelles K. (2017-02-09). Do biotic interactions affect species distribution?. Laboratoire d’ECologie Alpine, Université Grenoble Alpes. Laboratoire d’ECologie Alpine, Université Grenoble Alpes.

Posters

  1. Vissault S., Gravel D., Cazelles K. & Poisot T.. Mangal, a global ecological interactions database. biodiversitynext. Leiden – The Netherlands (2018-08-01).
  2. Brice M., Legendre P., Cazelles K. & Fortin M.. Long-term forest community changes in the boreal-temperate ecotone. ESA Annual Meeting. New-Orleans, LA, USA (2018-08-01).
  3. Myles-Gonzalez E., Cazelles K., Zemlak T. & McCann K.. Using Distributions of Biotracers to Predict Global Food Traceability. 69th Pacific Fisheries Technologists’ (PFT) conference 2018. Alaska (2018-02-01).
  4. Beauchesne D., Cazelles K., Archambault P. & Gravel D.. Predicting the spatial distribution of ecological networks. CSEE Annual meeting. Victoria, BC, Canada (2017-08-01).
  5. Legagneux P., Casajus N., Cazelles K., Chevallier C., Chevrinais M., Guéry L., Jacquet C., Jaffré M., Naud M., Noisette F., Ropars P., Vissault S., Archambault P., Bêty J., Berteaux D. & Gravel D.. The Earth Tribune. ArcticNet Meeting. Winnipeg, MB, Canada (2016-12-01).

Bourses et récompenses

Couverture médiatique